Lương Khắc Ninh sinh năm 1862, tại làng An Hội, tổng Bảo Hựu, phủ Hoằng Trị, tỉnh Vĩnh Long (nay thuộc thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre). Cha ông là Lương Khắc Huệ, một nhà Nho và thầy thuốc đông y, mẹ ông là bà Võ Thị Bường; là người làng Bảo An, huyện Điện Bàn (nay là xã Điện Trung, huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam), di cư vào lập nghiệp ở đây.

Từ nhỏ, được sự giáo dục của cha, ông bắt đầu theo học chữ Nho. Thời thiếu niên của ông, thực dân Pháp đã chiếm hoàn toàn Nam Kỳ, vì vậy, năm 1876, ông bắt đầu chuyển sang học chữ quốc ngữ và chữ Pháp tại trường tỉnh theo chương trình giáo dục cưỡng bức của người Pháp.